R:Профилирование кода - История изменений

Артём Клевцов: /* Функция proftable */

2014-06-10T17:18:08Z

‎Функция proftable

Артём Клевцов: Загрузка 2698-code-profiling.wiki

2014-05-28T14:45:02Z

Загрузка 2698-code-profiling.wiki

Внесённые изменения

Артём Клевцов: /* Функция proftable */

2014-05-20T13:59:36Z

‎Функция proftable

Артём Клевцов: /* Функция proftable */

2014-04-16T04:36:52Z

‎Функция proftable

Артём Клевцов: /* Функция proftable */

2014-04-06T10:44:09Z

‎Функция proftable

Артём Клевцов: /* Функция proftable */

2014-04-06T10:38:56Z

‎Функция proftable

Артём Клевцов в 14:22, 27 февраля 2014

2014-02-27T14:22:55Z

Артём Клевцов в 03:50, 20 февраля 2014

2014-02-20T03:50:14Z

Внесённые изменения

Артём Клевцов в 14:25, 19 февраля 2014

2014-02-19T14:25:10Z

Внесённые изменения

Артём Клевцов в 14:03, 19 февраля 2014

2014-02-19T14:03:22Z

@@ Строка 226: / Строка 226: @@
 Для более наглядного представления результатов профилирование необходимо провести с включённой опцией <code>line.profiling</code>. Для удобства последующего анализа результатов можно сохранить функцию и её вызов в файл скрипта и вызывать его с помощью функции <code>source()</code>. В нашем примере скрипт для профилирования имеет следующее содержимое:
-{{file|lang=r|filename=/tmp/script.R|
+{{file|lang=r|filename=/tmp/script.R|code=<nowiki>desc <- function(x) {
 desc <- function(x) {
      n <- length(x)
      mean <- mean(x)
@@ Строка 238: / Строка 237: @@
 for (i in seq_len(100)) desc(x)
-}}
+</nowiki>}}
 Данный файл можно сформировать прямо из консоли R:

@@ Строка 201: / Строка 201: @@
 == Функция <code>proftable</code> ==
-Рассмотрим ещё один способ представления результатов профилирования --- функция <code>proftable()</code>, написанная Noam Ross. Исходный код данной функции доступен под лицензией GNU GPL v2 и размещён в открытом доступе на [https://github.com/noamross/noamtools/blob/master/R/proftable.R github].
+Рассмотрим ещё один способ представления результатов профилирования - функция <code>proftable()</code>, написанная Noam Ross. Исходный код данной функции доступен под лицензией GNU GPL v2 и размещён в открытом доступе на [https://github.com/noamross/noamtools/blob/master/R/proftable.R github].
 Мы переработали данную функцию, удалив зависимость от пакета {{r-package|plyr}} и существенно ускорив её. Код модифицированного варианта доступен в [http://git.psylab.info/r-scripts/src/master/proftable.R git-репозитории]. Импортировать данный скрипт можно с помощью функции <code>source()</code>:
@@ Строка 207: / Строка 207: @@
 {{r-code|code=<nowiki>> source("http://git.psylab.info/r-scripts/raw/master/proftable.R")</nowiki>}}
-Для корректной работы функции <code>proftable()</code> необходимо провести профилирование с включённой опцией <code>line.profiling</code>. Для удобства последующего анализа результатов можно сохранить функцию и её вызов в файл скрипта и вызывать его с помощью функции <code>source()</code>. Скрипт для профилирования имеет следующее содержимое:
+Данная функция работает с лог-файлом, полученным в результате профилирования и используется как дополнение к функции <code>summaryRprof()</code>.
 {{file|lang=r|filename=/tmp/script.R|code=

@@ Строка 209: / Строка 209: @@
 Для корректной работы функции <code>proftable()</code> необходимо провести профилирование с включённой опцией <code>line.profiling</code>. Для удобства последующего анализа результатов можно сохранить функцию и её вызов в файл скрипта и вызывать его с помощью функции <code>source()</code>. Скрипт для профилирования имеет следующее содержимое:
-{{file|lang=r|subtitle=/tmp/script.R|code=
+{{file|lang=r|filename=/tmp/script.R|code=
 <nowiki>desc <- function(x) {
      n <- length(x)

@@ Строка 205: / Строка 205: @@
 Мы переработали данную функцию, удалив зависимость от пакета {{r-package|plyr}} и существенно ускорив её. Код модифицированного варианта доступен в [http://git.psylab.info/r-scripts/src/master/proftable.R git-репозитории]. Импортировать данный скрипт можно с помощью функции <code>source()</code>:
-{{r-code|code=
+{{r-code|code=<nowiki>> source("http://git.psylab.info/r-scripts/raw/master/proftable.R")</nowiki>}}
-<nowiki>> library(devtools)
 > source("http://git.psylab.info/r-scripts/raw/master/proftable.R")
 </nowiki>
 }}
 Для корректной работы функции <code>proftable()</code> необходимо провести профилирование с включённой опцией <code>line.profiling</code>. Для удобства последующего анализа результатов можно сохранить функцию и её вызов в файл скрипта и вызывать его с помощью функции <code>source()</code>. Скрипт для профилирования имеет следующее содержимое:

@@ Строка 203: / Строка 203: @@
 Рассмотрим ещё один способ представления результатов профилирования --- функция <code>proftable()</code>, написанная Noam Ross. Исходный код данной функции доступен под лицензией GNU GPL v2 и размещён в открытом доступе на [https://github.com/noamross/noamtools/blob/master/R/proftable.R github].
-Мы переработали данную функцию, удалив зависимость от пакета {{r-package|plyr}} и существенно ускорив её. Код модифицированного варианта доступен в [https://bitbucket.org/psylab/r-scripts/src/master/proftable.R git-репозитории]. Импортировать данный скрипт можно с помощью функции <code>source_url()</code>, которая входит в состав пакета {{r-package|devtools}}<ref>Штатная функция <code>source()</code> из пакета {{r-package|base|core=true}} не поддерживает загрузку файлов по протоколу https.</ref>:
+Мы переработали данную функцию, удалив зависимость от пакета {{r-package|plyr}} и существенно ускорив её. Код модифицированного варианта доступен в [http://git.psylab.info/r-scripts/src/master/proftable.R git-репозитории]. Импортировать данный скрипт можно с помощью функции <code>source()</code>:
 {{r-code|code=
 <nowiki>> library(devtools)
-> source_url("https://bitbucket.org/psylab/r-scripts/raw/master/proftable.R")
+> source("http://git.psylab.info/r-scripts/raw/master/proftable.R")
 </nowiki>
 }}

@@ Строка 3: / Строка 3: @@
 {{Pkg-req-notice}}
-== Пакет <code>base</code> ==
+== Пакет {{r-package|base|core=true}} ==
-Описанные выше функции <code>system.time()</code>, <code>benchmark()</code>, <code>microbenchmark()</code> позволяют оценить общее время выполнения выражения и нивелировать возможные вариации за счет множества попыток, однако для более полной оценки и определения стратегии оптимизации кода необходимо также выявлять и «узкие» места в выполняемом коде. К подобным «узким» местам можно отнести те вызовы, которые занимают наибольшее количество времени или расходуют больше всего памяти (при профилирования расхода памяти). Существуют специальные пакеты, предназначенные для организации профилирования или для более наглядной демонстрации результатов, однако далее пойдет речь о функции <code>Rprof()</code> из пакета <code>base</code>.
+Описанные выше функции <code>system.time()</code>, <code>benchmark()</code>, <code>microbenchmark()</code> позволяют оценить общее время выполнения выражения и нивелировать возможные вариации за счет множества попыток, однако для более полной оценки и определения стратегии оптимизации кода необходимо также выявлять и «узкие» места в выполняемом коде. К подобным «узким» местам можно отнести те вызовы, которые занимают наибольшее количество времени или расходуют больше всего памяти (при профилирования расхода памяти). Существуют специальные пакеты, предназначенные для организации профилирования или для более наглядной демонстрации результатов, однако далее пойдет речь о функции <code>Rprof()</code> из пакета {{r-package|base|core=true}}.
 Принцип работы функции <code>Rprof()</code> таков: с заданным интервалом (аргумент <code>interval</code>) делаются «снимки» вызовов и записываются в файл. Следует помнить о том, что <code>Rprof()</code> делает «снимки» каждые 0.02 секунды (значение по умолчанию), поэтому если выражение выполняется быстрее, то <code>Rprof()</code> не сможет его отследить. В таком случае периодичность «снимков» можно задать вручную с помощью аргумента <code>interval</code>. Также можно увеличить объём данных, чтобы код выполнялся дольше.
@@ Строка 130: / Строка 130: @@
 }}
-== Пакет <code>proftools</code> ==
+== Пакет {{r-package|proftools}} ==
-Также может оказаться полезной функция <code>flatProfile()</code> из пакета <code>proftools</code>. Данная функция выводит таблицу, сходную с таблицей «by.total» возвращаемую функцией <code>summaryRprof()</code>, в одну и сортирует их по общему времени выполнения в процентах или по времени выполнения функции в процентах, если указать <code>byTotal = FALSE</code>:
+Также может оказаться полезной функция <code>flatProfile()</code> из пакета {{r-package|proftools}}. Данная функция выводит таблицу, сходную с таблицей «by.total» возвращаемую функцией <code>summaryRprof()</code>, в одну и сортирует их по общему времени выполнения в процентах или по времени выполнения функции в процентах, если указать <code>byTotal = FALSE</code>:
 {{r-code|code=
@@ Строка 158: / Строка 158: @@
 Функция интересна тем, что предоставляет более компактный вывод при той же информативности, что и функция <code>summaryRprof()</code>.
-== Пакет <code>profr</code> ==
+== Пакет <{{r-package|profr}} ==
-Пакет <code>profr</code> предоставляет несколько функций для упрощения процесса профилирования, а также позволяет графически представить результаты профилирования. Результаты работы функции <code>profr</code> представляют собой таблицу, с хронологическим перечислением вызовов. Поэтому при использовании данной функции необходимо использовать однократное выполнение выражения. Вышеприведённый листинг по профилированию работы функции <code>desc()</code> будет выглядеть следующим образом:
+Пакет {{r-package|profr}} предоставляет несколько функций для упрощения процесса профилирования, а также позволяет графически представить результаты профилирования. Результаты работы функции <code>profr</code> представляют собой таблицу, с хронологическим перечислением вызовов. Поэтому при использовании данной функции необходимо использовать однократное выполнение выражения. Вышеприведённый листинг по профилированию работы функции <code>desc()</code> будет выглядеть следующим образом:
 {{r-code|code=
@@ Строка 203: / Строка 203: @@
 Рассмотрим ещё один способ представления результатов профилирования --- функция <code>proftable()</code>, написанная Noam Ross. Исходный код данной функции доступен под лицензией GNU GPL v2 и размещён в открытом доступе на [https://github.com/noamross/noamtools/blob/master/R/proftable.R github].
-Мы переработали данную функцию, удалив зависимость от пакета <code>plyr</code> и существенно ускорив её. Код модифицированного варианта доступен в [https://bitbucket.org/psylab/r-scripts/src/master/proftable.R git-репозитории]. Импортировать данный скрипт можно с помощью функции <code>source_url()</code>, которая входит в состав пакета <code>devtools</code><ref>Штатная функция <code>source()</code> из пакета <code>base</code> не поддерживает загрузку файлов по протоколу https.</ref>:
+Мы переработали данную функцию, удалив зависимость от пакета {{r-package|plyr}} и существенно ускорив её. Код модифицированного варианта доступен в [https://bitbucket.org/psylab/r-scripts/src/master/proftable.R git-репозитории]. Импортировать данный скрипт можно с помощью функции <code>source_url()</code>, которая входит в состав пакета {{r-package|devtools}}<ref>Штатная функция <code>source()</code> из пакета {{r-package|base|core=true}} не поддерживает загрузку файлов по протоколу https.</ref>:
 {{r-code|code=